Der Vorsitzende der CSU-Landtagsfraktion, Joachim Herrmann, bezeichnete die Lösung als „Riesenerfolg“ für den Standort Bayern. Die Magnetschwebebahn sei sehr wichtig für die Entwicklung des Münchner Flughafens. Der Transrapid sei kein Prestigeobjekt von Stoiber, sondern ein „Leitprojekt“ von internationaler Bedeutung. Ohne den unermüdlichen Einsatz Stoibers wäre der Durchbruch aber nicht gelungen.

Die Bayern-SPD kritisierte die Vereinbarung hingegen als Abschiedsgeschenk für Stoiber. Die veranschlagten Kosten seien ein politischer Preis, der nicht zu halten sein werde, erklärte der SPD- Landesvize Thomas Beyer. Seit Wochen sei absehbar gewesen, dass ein Scheinvertrag geschlossen werden solle. Der Transrapid werde auch in Bayern von einer Bevölkerungsmehrheit abgelehnt. Die Menschen in Bayern würden sich für das „faule Stoiber-Geschenk“ entsprechend bedanken.

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Die bayerischen Grünen kündigten heftigen Protest gegen den Transrapid an. „Edmund Stoiber sollte sich nicht zu früh freuen: Noch steht sein Denkmal nicht“, erklärten die Landesvorsitzenden Sepp Daxenberger und Theresa Schopper. Jetzt gehe der Widerstand erst richtig los. Bayern brauche keine „sündhaft teure Bonzenschleuder zum Flughafen“, sondern einen besseren Nahverkehr in der Fläche. Für den „abgehobenen Edmund-Stoiber-Express“ würden mehr als eine halbe Milliarde Euro aus Landesmitteln verschwendet.

Der bayerische Landesverbandes des Bundes Naturschutz forderte den Bundesrechnungshof auf, das Projekt noch vor Abschluss der endgültigen Verträge in einem Gutachten zu bewerten, damit die Abgeordneten in Bundestag und Landtag sich ein objektives Bild machen könnten. Der Transrapid sei ein milliardenteures Abschiedsgeschenk auf Kosten von Steuerzahlern und Bahnkunden für Edmund Stoiber (CSU), sagte BN-Landeschef Hubert Weiger. Die veranschlagten Kosten von 1,85 Milliarden Euro beruhten auf vier Jahre alten Schätzungen. Inzwischen seien die Kosten deutlich gestiegen. „Die Finanzierungslücke liegt mindestens in einer Größenordnung von 300 bis 500 Millionen Euro“, sagte Weiger.