Die beteiligten Baukonzerne wiesen die Vorwürfe zurück. Schon während der Verhandlungen im September 2007 sei allen Beteiligten klar gewesen, dass es sich bei dem vereinbarten Kostenrahmen von 1,85 Milliarden Euro um einen „politischen Preis“ gehandelt habe, sagte einer der an den Gesprächen beteiligten Bau-Manager dem Handelsblatt. Der damalige Ministerpräsident Stoiber habe jedoch „den Transrapid unbedingt noch in seiner Amtszeit durchsetzen wollen“. Deshalb sei ja auch „nur eine Realisierungsvereinbarung“ und kein Vertrag mit festen Preisen geschlossen worden. „Es war damals allen klar, dass wir mit diesem Budget Probleme bekommen würden“, so der Manager. Jetzt habe man festgestellt, dass das Projekt für die veranschlagten 1,85 Milliarden Euro nicht zu realisieren gewesen sei.

In Kreisen des Transrapid-Konsortiums wird diese Darstellung jedoch bezweifelt: Schließlich habe auch Hochtief als führendes Unternehmen des Konsortiums die Vereinbarung zum Bau der Strecke unterschrieben, die noch auf der früheren Kalkulation beruht habe. Hochtief wollte mit den Baufirmen Bilfinger Berger und Max Bögl die Trasse bauen.

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Auch Tiefensee machte deutlich, dass er – anders als Beckstein – von Anfang an skeptisch gewesen sei. Die Vereinbarung zwischen Bayern und dem Industriekonsortium habe „offensichtlich auf tönernen Füßen“ gestanden. Ähnlich äußerte sich Bayerns SPD-Fraktionschef Franz Maget. Die 1,85 Milliarden Euro seien von Anfang an eine „Mogelpackung“ gewesen, mit der Stoiber sein Projekt habe durchdrücken wollen.

Tatsächlich war das Projekt nur auf Drängen Stoibers zu Stande gekommen. Er erreichte, dass der Bund sich verpflichtete, maximal 925 Millionen Euro der Kosten zu übernehmen. Bayern sollte 490 Mill. Euro tragen, Bahn, Flughafen und Industrie den Rest. Die Kostenexplosion hat diese Pläne jetzt über den Haufen geworfen. Beckstein hatte Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) noch vorgeschlagen, den Anteil des Bundes auf 1,925 Milliarden Euro aufzustocken. Dies sei aber strikt abgelehnt worden.