Die Algenblüte resultiert aus dem komplexen Zusammenspiel mehrerer Faktoren, klimatisch wie biologisch. Günstige Bedingungen für die Bildung der Algenblüte sind: eine gute Nährstoffversorgung, eine warme Oberflächentemperatur des Wassers, viel Sonnenschein und eine stabile Schichtung der Wassersäule. Diese sorgt dafür, dass ein geringer Austausch zwischen den verschiedenen Wasserschichten stattfindet. Dies wird durch längere Perioden mit wenig oder gar keinem Regen, wenig Wind- und Wellenaktivitäten sowie durch eine rasche Temperaturabnahme mit zunehmender Tiefe begünstigt.
Durch den Klimawandel werden sich wahrscheinlich einige dieser Faktoren verstärken, die zur Bildung der Algenblüte im Frühjahr und Sommer beitragen, speziell die Temperaturerhöhung des Oberflächenwassers und die geringe Wasserdurchmischung. Durch steigende Temperaturen wird jedoch auch solches Plankton begünstigt, das sich von Algen ernährt. Auch ein verändertes Winterklima in der Ostsee könnte das Algenwachstum beeinflussen. Es wird erwartet, dass die Ostsee auch im Winter wärmer wird, dass sich aber auch mehr Wolken bilden werden. Da Algen Licht benötigen, könnte dies das Wachstum reduzieren.
Deshalb kann nicht mit Sicherheit gesagt werden, dass es aufgrund des Klimawandels ein zunehmendes Algenwachstum geben wird. Es ist aber klar, dass einige der Hauptfaktoren, die zur Algenbildung beitragen, gefördert werden. Verschiedene Einrichtungen wie etwa das Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde oder das Institut für Küstenforschung am GKSS-Forschungszentrum Geesthacht beschäftigen sich bereits mit Fragen wie diesen.
