Die dreiköpfige Expertenkommission ist von Bundesinnenminister Hans-Peter Friedrich (CSU) bereits einberufen worden. Der ehemalige Nachrichtendienst-Chef Hansjörg Geiger, Ex-BKA-Präsidenten Ulrich Kersten und CSU-Innenexperte Wolfgang Zeitlmann sollen im Innenministerium alle relevanten Akten der Polizei und der Geheimdienste prüfen und politische Empfehlungen erarbeiten. Vorteil des Gremiums ist sein politisches Gewicht. Die Empfehlungen des Dreigespanns dürften zumindest beim Innenminister Gehör finden. Nachteil ist der geringe Einfluss der Kommission auf Landesebene. Die Landesämter stellen ihre Informationen dem Trio beispielsweise nur auf freiwilliger Basis zur Verfügung.
Nachdem sich mehrere Vertreter von Opposition und Regierung für eine Bund-Länder-Kommission ausgesprochen haben, wird ihre Einrichtung immer wahrscheinlicher. Das Gremium soll von Bundestag und Bundesrat berufen werden und innerhalb eines Jahres Empfehlungen erarbeiten. Vorteil der Kommission wäre, dass sie auch Zugriff auf Daten aus den Ländern hätte. Nachteil wären begrenzte Ermittlungsmöglichkeiten: Zeugen könnten nur auf freiwilliger Basis vernommen werden.
Ähnlich wie die Bund-Länder-Kommission sollten dem Sonderermittler Kompetenzen vom Bundestag und Bundesrat übertragen werden. Der Vorschlag geriet zuletzt jedoch in den Hintergrund. Vorteil eines Sonderermittlers wäre, dass die Aufklärungsarbeit an einen Namen gebunden wäre, der auch Ergebnisse liefern müsste. Seine Alleinstellung könnte jedoch andere Beteiligte von ihrer Verantwortung entlasten.
Vor allem Linke und Grüne haben sich für die Einrichtung eines Untersuchungsausschusses zu den Ermittlungspannen beim Rechtsterrorismus ausgesprochen. Die SPD hält sich die Möglichkeit noch offen. Grüne und Linke kommen zusammen auf 144 Sitze im Parlament. 155 Stimmen wären mindestens nötig, um einen Untersuchungsausschuss zu beantragen (25 Prozent der 620 Parlamentssitze). Der Vorteil eines Untersuchungsausschusses ist, dass er mit umfangreichen Rechten ausgestattet ist. So können seine Mitglieder Zeugen und Sachverständige vernehmen und Ermittlungen durch Gerichte und Behörden vornehmen lassen. Weiterer Vorteil ist, dass die Untersuchung in der Regel öffentlich erfolgt. Ein Nachteil ist, dass Untersuchungsausschüsse oft ohne richtige Konsequenzen bleiben.
Innenminister Friedrich schloss zuletzt nicht aus, dass der Generalbundesanwalt das Verfahren frühzeitig an sich ziehen könnte. Denkbar wäre dies vor allem als Notlösung, etwa bei Befangenheit der Polizei. Vorteil wäre, dass die Ermittlungen bei einer Institution lägen, die frei vom Verdacht der eigenen Verwicklung ist. Allerdings könnte das Einschalten des Bundesanwalts dazu führen, dass die betroffenen Behörden mauern und Informationen nur zurückhaltend weiterleiten.
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