Der Niederbayer heuert 1979 als Diplom-Betriebswirt beim Konsumgüterkonzern Procter & Gamble an und lernt, wie eine Marke aufgebaut und geführt wird. 1987 wechselt er als Vertriebsdirektor zu Adidas. Zehn Jahre später wird er unter dem damaligen Adidas-Chef Robert Louis-Dreyfus in den Vorstand berufen. 2001 steigt der begeisterte Fußballer zum Chef auf.
In seine Zeit an der Spitze fällt der Kauf des amerikanischen Sportartikelherstellers Reebok. Adidas erwirbt auch knapp zehn Prozent am FC Bayern München, wo Hainer als stellvertretender Aufsichtsratschef die Geschäfte kontrolliert. Inzwischen ist er der am längsten amtierende Chef eines Dax-Konzerns.
Im Frühjahr 2017 läuft der Vertrag des 61-Jährigen aus. Doch er geht vorzeitig: Bereits im Herbst legt er die Geschäfte in die Hände des ehemaligen Henkel-Vorstandchefs Kasper Rorsted.