Die Geburtsstunde der Baywa schlägt 1923, als die Genossenschaften in Bayern beschließen, ihr Geld- und Warengeschäft zu trennen. Sie gründen die "Bayerische Warenvermittlung landwirtschaftlicher Genossenschaften". Das Unternehmen wächst schnell. 1959 liegt der Umsatz bereits bei mehr als einer Milliarde Mark. Im Jahr 2000 geht die Baywa an die Börse.
Die Baywa macht Geschäfte rund um die drei Bereiche Agrar, Energie und Bau. Der größte Umsatzanteil kommt über den Agrar- und Baustoffhandel. Über die australische Tochter Turners Growers ist die Baywa auch im globalen Obsthandel aktiv. Der Konzern betreibt auch Tankstellen und handelt mit Diesel und Heizöl. Ein neuer Schwerpunkt sind erneuerbare Energien.
2014 sank der Baywa-Umsatz leicht auf 15,2 Milliarden Euro. Als Händler ist die Baywa von den Agrarpreisen abhängig. Der Jahresüberschuss ging von 121 auf 90 Millionen Euro zurück. Die Zahl der Beschäftigten lag Ende 2014 bei knapp 17 000. Die Baywa-Aktie ist zu knapp 40 Prozent in Streubesitz. Die Mehrheit halten die Bayerische Raiffeisen-Beteiligungs-AG und die Raiffeisen Agrar Invest GmbH.
