Unister startet Mitte 2002 als Studententauschbörse. Bald darauf geht der erste Versicherungsvergleich online, im April 2004 das Reiseportal „aidu.de“. Nach einem Rechtsstreit mit dem Kreuzfahrtbetreiber Aida, der wegen der Namen eine Verwechslungsgefahr moniert, benennt Unister die Domain in „ab-in-den-urlaub.de“ um. Thomas Wagner hielt bis zu seinem Tod 40 Prozent der Holding. Die übrigen Anteile verteilten sich lange Zeit allein auf seine Mitgründer Daniel Kirchhof, Sebastian Gantzckow, Christian und Oliver Schilling. Letzterer kam ebenfalls beim Flugzeugabsturz über Slowenien ums Leben. Ende 2014 kaufte sich der Leipziger Immobilienunternehmer Steffen Göpel in das Unternehmen ein. Am 18. Juli 2016, vier Tage nach Wagners Tod, meldeten Unister sowie 12 Tochterunternehmen Insolvenz an. Weite Teile des Unternehmens konnte Insolvenzverwalter Lucas Flöther mittlerweile verkaufen. Das Aushängeschild des Unternehmens, der Reisebereich, ging an den tschechischen Investor Rockaway Capital.
„Fluege.de“ geht 2008 als Pendant zu „ab-in-den-urlaub.de“ an den Start. Die beiden Reiseportale bildeten bis zur Anmeldung der Insolvenz den Kern der Leipziger Internetgruppe. So machte das Reisegeschäft im Jahr 2013 nachweislich rund 90 Prozent des Umsatzes aus. Im Dezember 2016 übernahm die tschechische Beteiligungsgesellschaft Rockaway Capital Unisters Reisesparte.
